Hasta 1961 no le llega el éxito, con la creación de los 4 Fantásticos, pero todavía tenía muchas historias más por crear. En unos pocos años, crea junto con Jack Kirby y Steve Ditko a la gran mayoría de los personajes clásicos de la editorial. Este éxito hace que Marvel se convierta en la editorial más importante del momento, y marca el comienzo de la llamada Edad de Plata del cómic estadounidense. Stan Lee permanece durante gran parte de los sesenta como editor jefe de la apodada a partir de entonces "Casa de las Ideas", siendo sucedido por su ayudante, Roy Thomas.
Incansable difusor de Marvel y emblema de una época y una forma de hacer cómics, Stan Lee no deja de escribir columnas y guiones ocasionales. Entre ellos, la serie de especiales "Just Imagine Stan Lee..." de 2001 para DC Comics, la principal competidora de Marvel, donde recreaba a los principales personajes de su universo (Superman, Batman, Flash...)